目前，我國天然氣分布式能源發展還存在不少問題，其中包括技術、經濟、市場及運營管理等方面的障礙，比如用戶認知度問題、設備國產化問題、并網問題、部分地區氣源問題等，但核心仍是價格問題，具體可歸納為幾個方面。
政策風險大、燃料價格高
政策不具體，致使落實不到位。目前，國家層面及地方政府均陸續出臺了鼓勵天然氣分布式能源發展的支持政策，提出了發展目標及措施，但因沒有具體的實施細則或相關利益關系沒有捋順，牽扯到如稅收優惠政策、天然氣價格折讓、上網電價、電力直供等問題而無法落到實處。由于國家政策沒有強制執行標準，分布式能源戰略風險、市場風險很高。
由于分布式能源利用效率若高于70%，必須是冷熱電就近消納，盡量減少供能損失，因而項目與用能設施需同步建設，早在規劃設計階段就已經介入。然而，目前環境下，燃氣發電價格處于高位，電不能直供，冷熱市場又有一個培育期，因此項目投產開始幾年運營風險高。如果沒有國家政策支持，分布式能源項目單位將面臨巨大的運營風險。同時，天然氣分布式供能系統的運行成本，受燃料價格影響特別大，一個熱力匹配完好的冷熱電三聯供系統的經濟性也并不一定好。所以，穩定的價格機制也是影響分布式能源站發展的一個主要因素。
此外，分布式能源項目的發電輸送電模式與現行的《電力法》有相違背之處。目前已投或在建項目，面臨的最大阻礙仍是電力“并網”問題。目前已經建成運營的天然氣分布式能源項目所發電量多是自發自用，不由電網公司統一調度，且電價一般是由項目公司與用戶之間協商。
再者，天然氣分布式能源系統所需要的技術含量非常廣泛，最核心的是發電設備。分布式能源站目前的技術設備主要包括燃氣輪機、余熱鍋爐、壓縮式制冷、吸收式制冷、蓄冷蓄熱設備以及控制系統和設備。所有這些硬件設備當中，目前國內在技術上還跟國外有較大差距，缺乏具有自主知識產權的先進技術。
市場環境待培育
融資渠道不暢，投資以國內資本為主。自1985 年以來，由于國家頒布了一系列鼓勵分布式能源發展的政策，自上世紀90 年代初開始，有大量外資公司進入該領域進行投資。
但是到2002 年底，改革開放以后進入我國的第一批外資電力獨立開發商已基本退出中國電力市場。撤出原因，一是電力改革過程中，分布式能源熱電領域尚缺乏清晰的規則和穩定的長期購電合同，外方對中國熱電市場及其未來電價、電力市場等問題存有顧慮；二是外資投資熱電的有關法律法規已經不能完全適應我國加入WTO之后的市場需求。
環保收益未顯性化，尚未從環保中受益。目前全社會已越來越多地認識到天然氣分布式能源是節約能源、改善環境的有效措施，但直至目前社會未將節能環保收益定量化和顯性化，天然氣分布式能源發展尚未從環保方面受益，個別地方的環保部門還將熱電廠作為一個重要的污染源來對待。
天然氣分布式能源產品尚未進入真正的市場經濟。天然氣分布式能源所生產的產品——電、熱和冷等能源，盡管已被廣泛認知是商品，但未實行真正的市場定價，其出廠價格則由政府定價或政府指導定價，所以當上游原料、人工成本上漲時，下游電價、熱和冷價不動，勢必會帶來較大的矛盾。
企業運營存制約
天然氣分布式能源企業自身運營存在的制約因素主要體現在投資成本大、回收期限長、設備運行以及燃料成本過高等方面。
固定投資成本方面，我國目前還難以實現分布式能源成套設備自主生產，關鍵設備和控制系統尚需進口。盡管進口設備的價格在逐年下降,但仍維持在較高水平。較高的設備成本是阻礙分布式能源廣泛推廣的一個重要原因。同時，由于本地化的工程師與高級技工比較稀缺, 天然氣分布式能源項目安裝成本的變化范圍也很大，特別是對一些不太成熟的技術，安裝成本可占其設備成本的30%。
運行與維護成本方面。因為分布式能源是新技術,有管理和維護經驗的當地工程師及高級技工較少，運行維護設備的人工成本不可小視，同時由于主機是進口設備,定期檢查、替換、維修系統部件及易耗品價格也不菲。當然,運行與維護成本只占整個電力成本很低的比例，如微型燃氣輪機一年通常只做1～2次保養，平均維護成本為0.5～1.6美分每千瓦時。根據調研，國內一個示范性項目每年的運行與維護成本達到2200萬元。
